שטח השמורה כולל אזורי חורש ים תיכוני של אלון מצוי ואלה ארצישראלית, וגם קטלבים רבים.
בשמורה נמצא את ריכוז מיני הסחלבים העשיר ביותר בהרי ירושלים, עם 14 מיני סחלבים, ביניהם – סחלבן החורש, שנק החורש, סחלב פרפרני, סחלב אנטולי, דבורנית צהובה ודבורנית הקטיפה.
חלק מהמינים אינם נצפים בשמורה כל שנה, כגון ניאוטיניאה תמימה – הקטן בסחלבי הבר בישראל, שהתגלה לראשונה בשמורה רק בשנת 2019, אחרי חורף גשום יחסית באזור.
בין בעלי החיים הנמצאים בשמורה יש שועלים, תנים, דרבנים, והפרפר קיסרית הקטלב הנחשב לאחד מפרפרי היום היפים והגדולים בישראל.
בחלקה המזרחי של השמורה נובע עין טייסים, מעיין נקבה עם בריכת אגירה, ובקרבתו שרידי חקלאות הר – טראסות ובוסתנים של עצי שקד, לימון ואגוז המלך.
קרוב לפסגת הר טייסים נמצא גלעד שהוקם כאן לציון זכרם של 6 טייסים ואנשי צוות אוויר, שמטוסם התרסק בצלע נחל כסלון הסמוך במאי 1948 (מקום האירוע נמצא למרגלות מושב גבעת יערים). לצד הגלעד נמצא אתר ההנצחה המרכזי לחללי חיל האוויר.
בתחום אתר ההנצחה נמצא גם עץ קטלב גדול ומרשים במיוחד ולו גזעים רבים (כדי להגיע אליו יש להגיע לגלעד, לפנות בשביל שמאלה ואז ימינה לרחבה – בצידה המערבי נמצא הקטלב הגדול).
סביב פסגת הר טייסים הוכשרו מספר דרכי עפר ומגרשי חנייה המשרתים את אתר ההנצחה, ומכרסמים בשטח השמורה. ביום הזיכרון לחללי מערכות ישראל נערך כאן מדי שנה טקס ההנצחה לחללי חיל האוויר.
בצד הדרומי-מערבי של השמורה נמצא מצפור המיועד למטיילים, וצופה לעבר שמורת נחל שורק, רכס שורק, גוש עציון ועוד.
בשנות ה- 2000 נחפרה בתחומי השמורה בריכת חורף (נמצאת בחלק המזרחי של פסגת ההר, לצד עמוד חשמל).
בשנת 2013 נשתלו בשמורה זו, מספר פרטים של הצמח הנדיר מרוות החפים, שנכחד בטבע בארץ עם סלילת כביש בגין בירושלים. פרטים אלו נקלטו בהצלחה .
ב-15 באוגוסט 2021 נפגעה השמורה קשות בשריפת ענק בהרי ירושלים.
וכיום משתקמת לאט ויפה.
על ההר נמצא גלעד לחללי חיל האוויר הישראלי והמקום הוא אתר ההנצחה המרכזי של חיל האוויר. הגלעד הוקם מספר שנים לאחר מלחמת העצמאות. הוא בנוי מאבן ירושלמית ובחלקו העליון מנוע מטוס הרוס עם מדחף מעוקם. שרידים אלו הם של מטוס תובלה קל חד מנועי מסוג "נורסמן" שהתפוצץ והתרסק על פסגת דיר עמר, היום הר איתנים הסמוך, ב-10 במאי 1948.
כל שנה במהלך יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, מתכנסים בהר הטייסים נציגי פיקוד החיל, נספחי חילות האוויר הזרים והמשפחות השכולות, לטקס הזיכרון המרכזי של החיל. בטקס זה מתקיים מנהג ייחודי כאשר בו ברגע שנשמעת הצפירה בשעה 11:00 בבוקר, חולף מעל ההר מבנה של מטוסים או מסוקים, כאשר אחד מהרביעייה נפרד מחבריו והשלושה ממשיכים ב"מבנה חסר" לציון זכרם של הנופלים.
בנוסף, בסופו של שלב ה״מכין״ בקורס הטיס, עולים פרחי הטיס החדשים במסע לפסגת ההר ושם מתקיים טקס לציון סוף השלב.
עין טייסים
מעיין יפה ומסודר שנמצא אף הוא בשמורה. מדובר על בריכה מלאכותית, שכשמלאה – המים צלולים וקרירים. מומלץ לבדוק לפני שיוצאים האם יש בו מים, למרות שיפה להסתובב באזור גם בלי המעיין.
